История института начинается с архитектурной школы Дмитрия Ухтомского, основанной в 1749 году.
Преемственность традиций обеспечивали школы Василия Баженова и Матвея Казакова, а также созданное на их базе Московское дворцовое архитектурное училище.
В XX веке учреждение прошло этапы реорганизации: Училище живописи, ваяния и зодчества, ВХУТЕМАС/ВХУТЕИН и Архитектурно-строительный институт. В 1933 году на его основе был образован Московский архитектурный институт.
С 1970 года за институтом закрепилась аббревиатура МАРХИ. Сегодня вуз сохраняет традиции и развивает современные направления архитектурного образования.